Oprócz swoich niesamowitych właściwości odżywczych dla roślin, mączka bazaltowa spełnia także rolę ochronną. Praktyki ogrodników na całym świecie potwierdziły, że opylanie roślin mączką bazaltową w znaczący sposób przyczynia się do ograniczenia występowania szkodników i chorób roślin. To ekologiczna metoda walki z patogenami roślin stosowana w ogrodnictwie, bez środków chemicznych, preparatów owadobójczych czy grzybobójczych.
Mączka bazaltowa ze względu na naturalne pochodzenie z powodzeniem może być stosowana w uprawach ekologicznych. W tradycyjnych przepisach ogrodnictwa ekologicznego, poleca się opylanie roślin mączką bazaltową w ilości 100 g na 10 m2.
